潔凈工程面積過大，通風換氣次數過多，其對應送風量大，耗電量也大。因此如果局部有潔凈度要求的，我們可以設計成局部百級工作區域，其他地方設置普通潔凈度，這對以后的運行成本將起到非常重要的作用。

　　潔凈工程有關于換氣次數還沒有達成共識。許多原則都已過時，是建立在老觀念上，采用低效的空氣過濾器。調查顯示，ISO5級標準的潔凈室的換氣次數變化范圍是從250到700以上。美國的一所實驗室正在確定ISO5級潔凈室的標準。研究顯示，實際換氣次數范圍是90到250——比操作規程標準低很多，而且不會影響生產和潔凈度。因此建議ISO5級潔凈室的換氣次數大約是200，保守的上限是300。

　　由于潔凈室的送風量比一般空調系統要大得多，所使用的風機風量大，而且為克服系統的空氣阻力風機的壓頭要多出500~700Pa，約占一般系統的壓頭一半左右因此潔凈室運行的動力負荷要比一般空調的動力負荷大3-30倍。

　　潔凈工程內工作人員所需新風量，維持室內正壓所需的新風量，系統的排風量，系統及潔凈室的漏風量這些新風量之和，對于10萬潔凈室則大于等于30%，1萬級潔凈室不低于20%，1000級潔凈室則不低于10%，水平單向流潔凈室為不低于4%，垂直單向流潔凈室內不低于2%，相當于潔凈室約5~10次換氣，為同樣一般空調面積送風量的1~1.5倍。另外潔凈等級越高，其凈化空調造價越高，以后的換氣次數越多，同時其運行成本也高。所以選擇合適的潔凈度是首先要考慮的節約運行條件。