菌級(jí)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)室的設(shè)計(jì)應(yīng)該考慮到實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的棲息和生長(zhǎng)條件，以及實(shí)驗(yàn)人員的工作環(huán)境和安全保障。考慮到這些因素，實(shí)驗(yàn)室需要被分為不同的區(qū)域，其中包括潔凈區(qū)域、動(dòng)物棲息區(qū)域、實(shí)驗(yàn)區(qū)域、操作區(qū)域和儲(chǔ)存區(qū)域等。

潔凈區(qū)域應(yīng)該作為整個(gè)實(shí)驗(yàn)室的核心部分，要求地面平整而且易于清洗，同時(shí)所有的墻面和天花板都應(yīng)該采用封閉式的設(shè)計(jì)，外部空氣不能進(jìn)入。此外，對(duì)于特定的實(shí)驗(yàn)，還應(yīng)該根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要配備高效的過(guò)濾設(shè)備，確保實(shí)驗(yàn)區(qū)域內(nèi)的空氣質(zhì)量處于潔凈狀態(tài)。

動(dòng)物棲息區(qū)域是無(wú)菌級(jí)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)室的另一個(gè)重要部分，設(shè)計(jì)應(yīng)該考慮到實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的棲息和生長(zhǎng)要求，如行走、聽(tīng)覺(jué)、視覺(jué)、氣味等。一般而言，動(dòng)物棲息區(qū)域應(yīng)分為靜態(tài)和動(dòng)態(tài)兩種區(qū)域。靜態(tài)區(qū)域用于存放動(dòng)物配對(duì)箱、籠架和飲水器等設(shè)備，而動(dòng)態(tài)區(qū)域用于飼養(yǎng)和處理實(shí)驗(yàn)動(dòng)物。